Sbírka Městského muzea Blatná je od roku 2002 zapsaná v Centrální evidenci sbírek Ministerstva kultury ČR pod číslem MBL/002 -05 – 22/285002, a to jako sbírka regionální. Je rozdělena na několik podsbírek dle vědních oborů.

• Archeologická – fond pochází z výzkumů Josefa Siblíka a Františka Hykeše. Obsahuje zejména předměty doby laténské a halštatské, a to zejména zásobnice, náramky, skleněné korálky, spony, střepy nádob, keramické nádoby, železné úlomky či zvířecí kosti a zuby.

• sfragistická a numismatická – sbírku vytvořil místní rodák Antonín Masák, celkem čítá více než 1700 položek, jedná se zejména o pečetidla a razítka cechovních spolků, dále pak o sádrové odlitky dobových pečetí české a evropské aristokracie. U numismatiky jsou zastoupeny mince od 14. století přes bankocetle až po platidla novodobá z počátku 90. let 20. století.

• historická - je nejobsáhlejší podsbírkou, její součástí je jak tzv. historická archeologie (kování, ostruhy, středověké klíče a zámky, podkovy…), řemeslné nástroje bednářů, tesařů, ševců, kameníků, kloboučníků, tak i nástroje na zpracování lnu jako vřeténka, přeslice, motáky či mědlice. Významná je i část porcelánového, keramického, cínového a skleněného nádobí, stolních hodin a tzv. schwarzwaldek, včelařských potřeb či předmětů na přípravu kávy. Nelze opomenout také církevní fond, a to zejména různé dřevěné plastiky, madony, křížky a růžence; militaria a vojenské předměty, halapartny, cepy či Arbesovo divadélko a loutky Jaroslava Průchy.

• hudební – nejvýznamnějšími položkami jsou elektronické kytary značky RESONET, které se vyráběly v závodu v Blatné

• geologická – podsbírka nerostů a minerálů pocházející z bývalého okresu Blatná

• archivní povahy – řadíme zde staré a vzácné tisky, rukopisy či pozůstalosti, mezi nejvzácnější patří postinkunábule, špalíčky, vandrovní či modlitební knížky.

• drobné tisky – plakáty a pozvánky, nejčastěji se vztahují ke Spolku divadelních ochotníků v Blatné, součástí jsou však i protektorátní plakáty, plakáty z kulturních akcí v Blatné, ale i šatní či potravinové lístky.

• výtvarného umění – jeden z nejobsáhlejších fondů, dokumentující významné malíře, jež jsou a byli úzce spjati s Blatnou a okolí, např. Jan Hála, Josef Hodek, Karel Kozák, Josef Synek, Jindřich Krátký aj.

• fotografická - nejvzácnější jsou skleněné negativy děkana Jana Pavla Hilleho z přelomu 19. a 20. století mapující život na Blatensku, dále dobové fotografie Muzejního okresního spolku, fotografie z povodní 1895 aj.